車主公認的五大缺點
第一名：後懸吊跟不上前懸吊（39%）
在攻克高速彎角時，騎士可以發現後懸吊傳來的不安定感。
看到這，讀者一定十分納悶，「怎麼成也懸吊，敗也懸吊？」筆者必須說這樣的感受並不衝突。R3的確在大部分的騎乘狀況下有著值得嘉許的操控表現，但這個稱讚並不適用於高速過彎的後懸吊上。雖然原廠為了因應前懸吊的提升，在改款後的後避震的阻尼上做出了調整，不過根據許多車主回報，在高速過彎的情況下，能明顯感受出後懸吊跟不上前懸吊的情況，車尾不安定的擺動十分明顯。後懸吊未配備多連桿的設計，可說是車主們心中的遺珠之憾。
第二名：騎姿不夠戰鬥（28%）
對於許多熱血騎士來說，原廠的騎士三角依舊不夠戰鬥。
在上一頁，筆者提到了原廠為了好上手的特性將R3的騎姿設定的較為親和，然而這也代表追求戰鬥感的騎士可要失望了。儘管在2019年仕的改款上，YAMAHA降低了車把的高度，不過仍有許多車友認為原廠的騎士三角並不夠戰鬥，且腳踏的位置不利於身高較矮的騎士夾持油箱。
第三名：缺乏飽滿低轉扭力（20%）
排氣量是硬傷，尤其是在最大馬力與低轉扭力都得兼具的情況下。
根據部分車主的表示，高轉設定的R3在低轉時缺乏理想的扭力輸出。筆者只能將這個缺點，以「小排量的原罪」來解釋。魚與熊掌不可兼得，更何況在僅僅321c.c.的排氣量上，引擎設定勢必在「最大馬力」與「低轉扭力」之間拔河。
第四名：無配備滑動式離合器（17%）
儘管在主要對手（如：KAWASAKI Ninja 400等）的夾擊之下，改款後的R3依舊未搭載滑動式離合器，許多R3車主對此有些微詞。
第五名：制動力不足（10%）
單向對二卡鉗在初期的制動力上稍顯薄弱。
車主對於制動力不足這點頗有抱怨，R3前代令人詬病的制動力問題，在改款後依舊存在，而且手感上有些死硬。不過筆者必須在此說明，儘管許多車主對R3的制動力沒有信心，但在重煞的情況下，依舊可以讓前輪鎖死，所以並非整體的制動力不足，而是R3初期的制動力稍嫌薄弱所產生的誤解。
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