2007年 五代YZF-R1 998cc 180HP
第五代R1 的目標是鎖定擁有600cc 級別的操控性，為了實現這一目標，最主要是對整個底盤的剛性平衡調整。 採用新的DeltaBox 車架、搖臂、前叉以及新的對六活塞卡鉗，來達到這一最主要的目的。
YAMAHA 將卡鉗由原本的四活塞增加到六活塞，目的是為了縮小前碟尺寸，進而減小前輪的簧下重量，並透過六活塞卡鉗保持同樣的制動水準。同時這一代開始，原本搭載在SP 版的滑動式離合器，也成為R1 的標準配備。
第五代R1搭配滑離以及全新車架，挑戰600c.c.等級的操控性。
另外第五代R1 也正式放棄自FZR 時代以來的五汽門設計，改回一般傳統的四汽門缸頭，並將壓縮比提高到12.7：1 外，汽門也改用更輕的鈦合金汽門。也導入2006年開始陸續應用在YAMAHA 車系的YAMAHA 晶片控制系統（YAMAHA Chip Controlled，YCC），運用在R1 上的為電子線控油門YCC-T 與可變進氣導管YCC-I，最大馬力達到180HP。
引擎改回四汽門設計，並搭配鈦合金汽門。
第五代R1導入YCC-I 可變進氣導管。
為了因應日漸嚴格的環保法規，第五代R1 採用三向觸媒轉換器，使其通過歐盟3期環保，即使如此全車乾重也僅有177kg。
排氣管內設有三向觸媒轉換器。
2009年 六代YZF-R1 998cc 182HP
不等間隔點火的設計，讓第六代R1 引擎聲浪與其他直四引擎聲浪完全不同，同時這樣的設計正是來自GP 中，為了獲得更好的後輪循跡性而來。
第六代R1 新增了第二噴油嘴，讓引擎中高轉速的反應性能更佳，並跟隨主流，加入動力選擇模式，可根據騎士技術與環境需要，快速切換動力輸出的反應。排氣管也根據新引擎不等間隔點火的脈動重新設計，並保持原本R1 的尾排設計，引擎最大馬力為182HP @ 12,500rpm。
首次採用十字曲軸引擎。
全新的車架為了發揮新的引擎全部潛力而開發，引擎再度回到車架受力的一部份，汽缸與曲軸的角度略為回正至前傾31度，並將引擎位置往更前方擺放，藉此提高前輪緊貼地面。原廠腳踏位置即具備調整功能，副車架更採用輕量化的鎂合金材質。
懸吊部份在後懸吊具被高低速阻尼分開調校功能，前叉則改用右邊回彈阻尼、左邊壓縮阻尼的設計，可以提供騎士更精準快速的調整，同時因為油路更加單純，調整鈕也都能設在前叉上方，讓調整更容易外也能減輕前叉重量。
外型上更首次將Ram Air 與大燈視覺造型結合，鷹眼輪廓下，只有魚眼燈組為實際的大燈，兩側則是Ram Air。新的魚眼大燈也是第六代R1 的一大特色，透過內部的遠近光切換機構，讓第六代R1 不論近燈與遠燈都能維持雙燈開啟，而非之前的兩個遠燈搭配兩個近燈或是其他車廠常用的獨眼龍配置。
第六代R1 改用魚眼設計也是一個新的突破。
其他還包括在儀表中加入檔位顯示，以及電子防甩頭等操控安全性的配備。自第六代R1 開始，根據製造商間的協議不再標示乾重，都以油水加滿的濕重為主，而第六代R1 的濕重為206kg。
第六代R1 的儀表也加入檔位顯示功能。
2012年後的R1又做了哪些改款？請見下一頁
