2007年MotoGP下修了最大排氣量，從990cc降低為800cc，HONDA順勢推出更強大的V型4缸的RC212V，也被認為是為身材嬌小的Pedrosa所打造，但對於HONDA來說，這是一個難熬的一年，在賽季開始並沒有達到預期的成效，與DUCATI及YAMAHA相比起來競爭力下滑了不少，HRC執行長Satoru Horiike也承認在車輛改造上犯了一個錯誤，這也讓一向是好好先生的Pedrosa在賽季中有轉隊到KAWASAKI的念頭，所幸在接下來的比賽中拿下兩場分站冠軍，在世界冠軍爭奪中還是以極大差距敗給騎乘DUCATI的「石頭人」Casey Stoner屈居年度第二。
Casey Stoner&Dani Pedrosa。
2008年是Pedrosa最有機會奪下MotoGP世界冠軍的一年，在賽季的前9場比賽有8次站上頒獎台並拿下兩場勝利，被視為世界冠軍的強力候選人，但好景不常，在德國站的轉倒導致手部骨折及腳踝扭傷，迫使Pedrosa必須跳過下一站的比賽，世界冠軍的美夢一瞬間化為烏有，也開啟了Pedrosa如詛咒般一連串傷勢，最終落後給Rossi及Stoner位居第三，對於22歲的Pedrosa來說，未來看似有大好前程，年輕又有實力是他最大的本錢，但沒想到這也是他最接近世界冠軍的時刻了……
2008年金融風暴的發生，使得MotoGP下一賽季將統一輪胎供應商，最後由Bridgestone獲得供應權，讓原本使用Michelin的Pedrosa似乎多少感到不適應，在冬季測試時傷痛又纏上他，還好在賽季開始前恢復良好，在這一年提攜他的老大哥Hayden轉戰DUCATI，替補他的則是從HONDA衛星車隊轉來的Andrea Dovizioso，因而理所當然的成為了HONDA的一哥，這一賽季共拿下2場分站冠軍及11次頒獎台，表現依舊亮眼，可惜還是不敵YAMAHA雙雄Rossi與同梯的Jorge Lorenzo，連續兩年拿下季軍。
Andrea Dovizioso&Dani Pedrosa。
無論Pedrosa再怎麼平穩的表現，名次似乎都無法更上一層樓，在騎乘風格上像是少了一種想贏的野性，使他永遠擺脫不了「萬年老二」這悲慘的代名詞，在2010年依然拿下了4場分站冠軍，但日本站的轉倒意外，讓他連續錯過三個積分進帳的機會，悲情的Pedrosa只能眼睜睜看著Lorenzo揚長而去拿下世界冠軍，曾經的兩個手下敗將，都已經品嘗到世界冠軍香檳滋味的美好，比他們還早一年加入的Pedrosa至今還未有頂級冠軍加身，不免令人由衷感嘆。
Marco Simoncelli&Dani Pedrosa。
2011年HONDA迎接了Stoner入隊，有了這位前世界冠軍助陣，廠隊積分肯定會大幅增加，但也就表示Pedrosa將要回歸成為二當家，在本季前三場比賽全都站上頒獎台，看似有個好的開始，但在法國站撞上Marco Simoncelli車尾轉倒而鎖骨骨折，Pedrosa指稱這場意外是由Simoncelli的不正常剎車所致，這場事故也讓他再錯過三個分站，而退出了競爭冠軍的行列，最終只拿下年度積分第四名，而與Pedrosa有過節的Simoncelli，彼此的恩怨在Simoncelli在馬來西亞站中意外身亡而煙消雲散，隊友Stoner拿下了生涯第二座世界冠軍獎盃。
Casey Stoner&Dani Pedrosa。
2012年是Pedrosa表現最突出的一個賽季，拿下了7次勝利夾帶著15次頒獎台，整季沒有任何受傷紀錄，但在季中卻有一發震撼彈，隊友Stoner在正值27歲的巔峰歲月時宣布將在季後退休，並會在本季擔任導師的角色輔佐Pedrosa，讓小鯊能全力與Lorenzo一較高下，但是在澳洲站的轉倒事故，直接葬送了爭奪冠軍的機會，隊友Stoner在家鄉拿下他生涯最後一個分站冠軍光榮退休後，也讓Lorenzo無後顧之憂拿下頂級賽事的第二座世界冠軍。
在Stoner因家庭因素而中止職業生涯後，原以為將要繼續帶頭HONDA向前邁進，殊不知後頭還有個醞釀瘋狂基因血性的頂級大物，在與他完全不同層次的Moto2屠殺了各個車手，正虎視眈眈的準備向上捕捉獵物，被稱為來自火星的Marc Marquez正式加入MotoGP，20歲在美國站成為了最年輕拿下勝利的車手，也篤定了Pedrosa將要回到熟悉的二號車手位置，這一年Marquez席捲了MotoGP，繼上古神獸Kenny Roberts之後以新人之姿拿下MotoGP世界冠軍，雖然Pedrosa也拿下年度第三的位置，但從此之後的生涯只能在小老弟Marquez的光環之外，實現GP冠軍的夢已遙遙無期。
Marc Marquez&Dani Pedrosa。
