車主公認的四大缺點
第一名：前、後懸吊皆過軟（62%）
MT-07車主公認的第一大缺點在於其前、後懸吊均過軟，事實上，YAMAHA在新一代的MT-09上在前懸吊加入壓縮阻尼可調的功能，內部阻尼也經過重新設計，表現得到一定改善。但後懸吊則仍採用前一代的設計，這使得在這次調查中雖然車主們對前、後懸吊均有覺得支撐性不足的現象，但不少車主特別強調後懸吊的不足，對於一台動力表現良好的車輛而言，懸吊不足會讓騎士難以將動力完全釋放，相當可惜。
新一代MT-09仍採用前一代後懸吊的設定，表現未如理想。
第二名：後座舒適度欠佳（16%）
另外，16%的車主反映MT-09後座的舒適度欠佳，而據車主們的回饋所得，這部分的原因並非出自座墊，而是在於後座腳踏的位置設計的問題，使得後座坐姿不適，容易腿痠。針對這個問題，個別車主選擇改裝後座的腳踏後移，也許為部分困擾的車主提供一些參考。
由於後座腳踏的位置設計的問題，使得MT-09後座的舒適度扣分。
第三名：油箱輪廓及騎乘姿勢不利熱血操駕（11%）
上文提到MT-09的騎乘姿勢舒適，但俗話說：「有一好就沒兩好」，這樣的設定也讓車主在想要熱血時未能完全盡興。也有車主提到MT-09外觀突出的油箱不利騎士夾持，對於熱血至上的準車主而言，也許可以先到經銷商進行試乘，了解MT-09的騎姿能否跟得上你的滿腔熱血。
MT-09油箱的外觀相當突出好看，但部分車主認為其不利騎士夾持。
第四名：油門反應略顯神經質（11%）
最後一個MT-09車主公認的缺點在於其油門反應略顯神經質，由於低轉高扭的動力特性，只要稍稍轉動油門，動力就像全開的水龍頭一樣湧現出來，部分車主認為這樣的特性不利新手騎士騎乘，因此特別多加提醒。針對這個問題，假如真的有經驗尚淺的騎士正考慮入手或試乘MT-09，也許可以多善用動力模式的設定，讓自己慢慢習慣這台「動力怪獸」深不見底的油門。
MT-09可在手把上切換動力模式，騎士們不妨多加利用。
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