1998年 初代YZF-R1 998cc 150HP
自1986年開始的FZR1000，面對強敵HONDA CBR900RR 的出現，顯得力不從心，YAMAHA 因此開發下一世代的四行程仿賽車款，那就是YZF-R1。初代YZF-R1 考量大多數騎士並不會下賽道騎乘，開發便以山路樂趣為目標，在1997年米蘭車展發表時，就主打著公路最速的概念。
首先在引擎部份，透過拉高變速箱軸心位置，有效的縮短直四引擎的長度，達到緊緻化的設計，這樣的設計也成為之後各家仿賽車款效仿的對象。搭配Kehin CV 40mm 化油器，的998cc 直四引擎，擁有當時最強的引擎輸出150ps @ 10,000rpm ，最大扭力為108Nm @ 8,500rpm，乾重也是當時最輕的177kg。
初代R1 將變速箱位置往上並靠近汽缸，讓引擎變的更小巧。
隨著引擎的縮短，車架也一併縮小，搭載Delta Box II 車架，使得YZF-R1 能縮短軸距至1385mm 卻不影響搖臂長度，搭配小角度的前傾角，創造令人驚驗的彎道性能，不僅僅在賽道上，在山路上也以銳利的劃過彎道聞名，也因此有了彎道魔術師的美名。
初代R1 的引擎與車架配置，成為現今仿賽緊緻化的設計方向。
做為FZR1000 的後繼車款，初代R1 繼承了FZR1000 所搭載的排氣可變閥門EXUP 以及五汽門技術。而早在FZR1000 就成為標配的KYB 41mm 倒叉自然也是延用下來，延續FZR 成為日系公升級仿賽唯一搭載倒叉的車款。（註：當年KAWASAKI 與SUZUKI 重點仍在750級別）
初代R1 於1999年也做了些許修改，調整主、副油箱容量以及修改打檔桿連桿等。
延續FZR 的五汽門引擎。
1999年的R1 只做修改油箱內的主副油箱比例。
YZF-R1 在2000年做了初次的改款，在原本性能已經相當強大的R1，進一步強化油門的反應與操控性，採用化油器結合油門位置感應器TPS 的做法，強化低轉反應，並透過新設計的凸輪軸與改善潤滑方式，有效減少引擎內部磨擦，也降低引擎運轉噪音，讓二代R1 擁有較寬廣的動力域，同時車重也減輕2公斤來到175kg。
2000年的引擎是以前代修改而來，改善潤滑，並結合TPS。
變速箱部份採用鉻鉬處理的換檔軸以及全新設計的換檔機構，改善初代R1 傳動部份的缺點，能更有效減少換檔的空窗期，而一檔齒比在這代也進行修改，有更好的延伸性。
外型雖然看起來並無太大差異，但都做了小部份的修改，車頭與側整流罩都更銳利化一些，降低3%的風阻係數，而風鏡則重新設計成更利於保護騎士的造型。坐位進一步的向前延伸，改變車輛重心配重，能讓重心更接近前端，有利騎士掌握前輪路感，油箱後方角度也更平緩，並改善雙腳夾持性。
油箱的角度也更平緩。
2002 三代YZF-R1 998cc 152HP
為了提供更好的操控性，車架採用全新的液體壓鑄技術製成的Delta Box III 車架，能減少車架焊接處，進而提高30％的剛性。同時Delta Box III 車架與以往不同，將副車架設計為可拆卸的方式，使得車輛改裝上也更有彈性。除了新車架前端幾何造型的修改，前叉也升級至43mm 倒叉，並將行程由135mm 縮短至120mm，提供更清晰的路感。
首次噴射化的R1，尾燈也改為LED 設計。
在三代R1 上也首次使用全新的鈦合金排氣管，包括頭段也使用鈦合金材質，搭配新的不對稱搖臂，排氣管設計也能不受限原本的搖臂位置而做妥協。其他外形上除了更尖銳外，尾燈也改為單燈式的LED 尾燈，讓車尾線條更洗鍊。另外，黃金雙子星卡鉗以及超轉燈也都是在這一代的R1 中導入。
從這代開始，R1將雙子星卡鉗換成金色以及鈦合金排氣管。
2004年後的R1，請見下一頁
